睦月です。ご返信ありがとうございます。 あれから色々考えてみたのですが、やはり別シェルにして対応すべきですね。 check-update だけであれば通常のデイリーで問題ないので、 /etc/cron.daily 内に yum-check_ud.sh として作成したいと思います。 また、yum 自身の自動更新もさせず、check-update 行うよりシンプルな方針に 変更しました。（というか、なぜyumだけ更新させていたのやらという感じです が・・・） あとは yum のオプションを根気よく伝えていきたいと思います。 ご助言ありがとうございました。